L’organisme humain abrite une communauté de microorganismes qui participent à de nombreuses fonctions biologiques. Regroupés sous le terme de “microbiote”, ces microorganismes sont présents dans différentes parties de notre corps, notamment la peau, la bouche, les organes génitaux et l’intestin. Notre microbiote intestinal, composé de plus de 100 000 milliards de micro-organismes, joue un rôle essentiel dans notre santé et le bon fonctionnement de notre organisme.
1. L’Homme et ses microbiotes
L’Homme héberge plusieurs microbiotes, qui varient en fonction des zones du corps. Chaque microbiote a des caractéristiques spécifiques en termes de nutriments, d’humidité et de présence d’oxygène. Les microbiotes cutané, oro-pharyngé, vaginal et intestinal sont les plus connus. Chaque microbiote a une niche spécifique, allant des zones humides comme les aisselles à des zones plus sèches comme la peau du dos.
Le microbiote intestinal est particulièrement dense en bactéries, avec plus de 100 milliards de bactéries par gramme de contenu intestinal. Ces bactéries jouent un rôle clé dans la digestion des aliments et la protection contre les infections.
1.1. Les bactéries, microorganismes majeurs de nos microbiotes
Les microbiotes sont constitués de différents types de microorganismes, notamment des bactéries, des levures, des champignons et des virus. Les bactéries sont les plus abondantes et sont donc souvent associées aux microbiotes. Le microbiote intestinal est principalement composé de bactéries, avec plus de 90% de bactéries par rapport aux autres microorganismes. Les bactéries du microbiote vivent en communauté et interagissent avec nos cellules pour assurer un équilibre dynamique.
1.2. Les années 2000 : à la conquête des microbiotes humains
Les avancées dans le séquençage de l’ADN ont permis de mieux comprendre la composition des microbiotes humains. Ces études ont établi des catalogues de gènes bactériens représentatifs des individus en fonction de leur état de santé, de leur génétique, de leur alimentation et de leurs conditions de vie. Ainsi, le métagénome intestinal a permis de dresser une cartographie des espèces présentes dans le microbiote intestinal.
1.3. Les microbiotes « buccal », « vaginal » et « pulmonaire » humains
Nos microbiotes cutané, bucco-dentaire, vaginal et pulmonaire sont également colonisés par des bactéries qui jouent un rôle essentiel dans notre santé. La composition bactérienne de chaque microbiote varie en fonction des conditions locales et des nutriments présents. Par exemple, les Lactobacilles prédominent dans le microbiote vaginal en raison de leur résistance à l’acidité et à l’absence d’oxygène. Le microbiote pulmonaire est également composé de différentes espèces bactériennes qui contribuent à notre immunité pulmonaire.
2. Focus sur l’écosystème intestinal
Le microbiote intestinal joue un rôle essentiel dans notre santé et participe à de nombreuses fonctions biologiques. Les bactéries intestinales sont impliquées dans la digestion des aliments, la protection contre les infections et la maturation de notre système immunitaire. Elles produisent également des substances nutritives essentielles à notre organisme.
2.1. La naissance d’un écosystème
La construction de l’écosystème intestinal se fait progressivement dès la naissance. Les bactéries se colonisent à partir de l’environnement et établissent un dialogue avec notre organisme. Les bactéries primo-colonisatrices sont les premières à s’installer et à établir un équilibre avec l’hôte. Ce processus dépend de nombreux paramètres, notamment les conditions de naissance et le mode d’alimentation du bébé.
2.2. Les populations bactériennes du microbiote : un état d’équilibre
L’équilibre entre les populations bactériennes et les cellules intestinales est essentiel pour assurer une bonne digestion et la protection de la barrière intestinale. Les changements de composition du microbiote peuvent entraîner des dysbioses, qui sont des perturbations de l’équilibre de l’écosystème intestinal. Les dysbioses sont associées à de nombreuses maladies, notamment les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, l’obésité, les maladies cardiovasculaires et les allergies.
2.3. Les cellules humaines et les bactéries participent à la digestion
Les bactéries intestinales jouent un rôle essentiel dans la digestion des aliments. Elles dégradent certains nutriments, notamment les fibres végétales, en substances utilisables par notre organisme. Les cellules intestinales assurent également la digestion grâce à des enzymes spécifiques. Les nutriments digérés sont ensuite transportés dans les cellules intestinales et dans le sang pour être utilisés par notre organisme.
2.4. Un écosystème microbiote/intestin : une barrière indispensable face à des intrus
Le microbiote intestinal et les cellules intestinales forment une barrière protectrice essentielle face aux micro-organismes pathogènes. Les bactéries intestinales empêchent la prolifération de micro-organismes pathogènes en occupant l’espace et en produisant des substances antibactériennes. Les cellules intestinales forment également une barrière physique et chimique grâce à la production de mucus et de peptides antimicrobiens. Cette barrière protège notre corps en limitant le passage des substances nocives.
2.5. Des bactéries qui éduquent notre système immunitaire
Le microbiote intestinal joue un rôle essentiel dans l’éducation de notre système immunitaire. Les bactéries intestinales aident à réguler notre réponse immunitaire et participent à la tolérance vis-à-vis des bactéries intestinales. En l’absence de microbiote, le système immunitaire est immature et plus vulnérable aux infections. Les dysbioses du microbiote intestinal peuvent perturber la maturation du système immunitaire et augmenter le risque de certaines maladies.
2.6. Le couple microbiote/cellules intestinales : un dialogue qui s’entend dans tout l’organisme
Le microbiote intestinal communique avec notre cerveau via des signaux, notamment des métabolites produits par les bactéries intestinales. Ces métabolites peuvent agir à distance, en passant par la circulation sanguine, ou directement sur les terminaisons nerveuses de notre tube digestif. Cette communication bidirectionnelle entre le microbiote et notre cerveau pourrait jouer un rôle dans des maladies neurologiques, comme la dépression, le stress et certaines pathologies neurodégénératives.
3. Les perturbations de l’écosystème intestinal : causes du développement de pathologies
Les dysbioses, c’est-à-dire les perturbations de l’équilibre du microbiote intestinal, sont associées à de nombreuses maladies. Une dysbiose importante peut être causée par une antibiothérapie, un changement brutal de régime alimentaire ou certaines pathologies. Les dysbioses sont impliquées dans des maladies digestives, l’obésité, les maladies cardiovasculaires, les allergies et les maladies neurologiques. Cependant, il reste à déterminer si la dysbiose est une cause ou une conséquence de ces maladies.
3.1. Microbiote et maladies digestives
Certaines maladies inflammatoires chroniques de l’intestin sont associées à des dysbioses du microbiote intestinal. Certaines bactéries, comme F. prausnitzii, jouent un rôle important dans la régulation de l’inflammation et leur absence est associée à certaines pathologies digestives.
3.2. Microbiote et syndrome métabolique
Le microbiote intestinal est impliqué dans le développement du syndrome métabolique, qui regroupe différentes altérations du métabolisme associées à l’obésité et à un surpoids. Les complications du syndrome métabolique, comme les maladies cardiovasculaires et le diabète de type 2, sont associées à une dysbiose du microbiote intestinal. Les changements de composition du microbiote peuvent être corrigés par une alimentation riche en fibres ou des compléments alimentaires adaptés.
3.3. Microbiote et maladies cardiovasculaires
Les bactéries intestinales jouent un rôle dans les maladies cardiovasculaires, notamment dans la formation de plaques d’athérome. Les dysbioses du microbiote intestinal peuvent favoriser la formation de plaques d’athérome en produisant des métabolites responsables de l’inflammation des vaisseaux sanguins.
3.4. Microbiote et maladies neurologiques
Le microbiote intestinal joue un rôle dans certaines maladies neurologiques, notamment la dépression et les troubles de l’humeur. Les métabolites produits par les bactéries intestinales peuvent agir sur notre cerveau et contribuer à l’apparition de ces pathologies. Cependant, les mécanismes précis restent à déterminer.
4. Le microbiote, une cible thérapeutique d’avenir
La restauration de l’équilibre de l’écosystème intestin/microbiote est un enjeu important pour le développement de nouveaux traitements. Les interventions alimentaires, les probiotiques et les transferts de microbiote sont déjà utilisés comme stratégies thérapeutiques. La recherche se poursuit pour mieux comprendre le fonctionnement du microbiote intestinal et développer de nouvelles approches thérapeutiques.
